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变异致病性证据文献摘要
针对特定基因变异,检索PubMed并自动生成相关文献证据摘要。
遗传模式分析与家系图构建
基于家系临床数据自动推断遗传模式(常显、常隐、X连锁等),并生成标注风险的家系图
已知变异数据库查询与比对
自动查询ClinVar、HGMD、gnomAD等数据库,比对并提取变异临床意义及人群频率。
遗传咨询文书草稿生成
根据基因检测结果自动生成遗传咨询信函草稿,涵盖基因信息、遗传风险评估及随访建议。
罕见病表型匹配与基因优先级排序
利用HPO(人类表型本体)术语匹配患者表型与基因数据库,输出候选基因列表及优先级排序,辅助罕见病诊断。
WES/WGS变异过滤与注释
对全外显子组(WES)或全基因组(WGS)测序数据进行变异过滤(如质量、深度、等位基因频率)、注释(功能、致病性、人群频率)及优先级排序,以支持精准医疗诊断。
临床变异解读与报告生成
根据ACMG/AMP指南对基因变异进行致病性分类,自动生成结构化临床报告,支持精准医疗决策。
ACMG/AMP指南自动化评分
根据ACMG/AMP证据等级(PVS1, PS1, PM2等)自动计算变异致病性评分并输出分类(致病、可能致病、意义不明确等),适用于临床遗传学家在基因检测报告中的高效解读。
CRF设计与自动填充
根据基因治疗临床试验方案,自动生成电子CRF并填充常见字段,提升数据录入效率与准确性
基因编辑数据质量监控
自动化监控CRISPR等基因编辑技术的脱靶率、编辑效率等关键数据,生成标准化质控报告,确保临床试验数据可靠性与合规性。
临床方案撰写与合规审查
根据IIT/IND要求撰写基因治疗临床方案,并自动审查伦理与法规合规性
患者招募与入组管理
基于基因分型匹配患者,管理知情同意流程并自动化入组筛选,确保基因治疗临床试验的精准、高效与合规。
生物样本追踪与物流管理
追踪患者血液/组织样本的冷链物流状态,自动预警异常并生成交接记录
SAE报告生成与协调
从电子病历提取严重不良事件信息,生成FDA/EMA格式报告并触发协调流程
监管递交文件打包
自动整理临床研究资料(如IB、年度报告),按监管机构要求生成递交包,确保合规性与完整性
数据安全与隐私合规检查
自动扫描CRF和数据库中的PHI暴露风险,确保符合HIPAA/GDPR
分子诊断试剂性能验证
依据CLSI指南设计精密度、准确度、检测限、交叉反应等验证方案并撰写报告
自动化核酸提取方案开发
开发适配磁珠法或柱法的自动化提取程序,优化裂解液配方和洗脱体积
ddPCR绝对定量分析
利用数字PCR进行低丰度突变检测和拷贝数变异分析,包括泊松统计计算与结果解读
突变检测生物信息学分析
使用BWA、GATK等工具对靶向测序数据进行SNP/Indel检测和注释
引物探针设计
使用Primer3等工具设计高特异性的PCR引物和TaqMan探针
法规文档撰写-分子诊断分析性能部分
编写符合FDA或NMPA要求的分子诊断试剂注册申报资料中的分析性能部分,包括方法验证、性能指标和统计报告。
qPCR实验方案制定
设计实时荧光定量PCR的实验流程,包括退火温度梯度、模板浓度优化
NGS文库构建优化
针对血浆和肿瘤组织样本类型,优化NGS文库构建流程,包括片段选择、接头连接效率提升,以提升文库产量和质量。