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宏基因组组装与分箱
使用 MEGAHIT、metaSPAdes 等工具进行宏基因组组装,并通过 MetaBAT、CONCOCT 等进行基因组 binning,适用于微生物组学与精准医疗研究
宏基因组数据质控与预处理
对高通量测序原始数据进行质量评估、接头去除、低质量过滤及宿主序列剔除,确保下游分析的准确性与可靠性。
比较基因组学分析
对多个微生物基因组进行核心/泛基因组分析、SNP/InDel检测及系统发育树构建,用于基因与精准医疗场景下的菌株鉴定与功能解析。
微生物群落组成分析
利用QIIME2、mothur等工具进行OTU/ASV聚类、物种注释及多样性分析。
微生物组-宿主互作网络构建
整合微生物组与宿主转录组/代谢组数据,构建相关性网络并识别关键互作模块,用于精准医疗中的生物标志物发现。
抗性基因与毒力因子检测
利用CARD、VFDB等数据库鉴定微生物组中的抗生素抗性基因和毒力因子,支持精准医疗与耐药性分析。
宏转录组差异表达分析
对宏转录组数据进行差异基因表达分析,结合功能富集解读生物学意义,适用于微生物组与宿主互作研究
微生物基因组注释
对组装完成的微生物基因组进行基因预测、功能注释及代谢通路重建,支持精准医疗研究
NGS变异注释与报告生成
基于ACMG/AMP指南对NGS检测到的基因变异进行致病性注释,并生成结构化的临床报告
ACMG/AMP规则引擎
将ACMG/AMP判定标准转化为可执行规则,自动评估变异致病性等级(P/LP/VUS等)
遗传咨询辅助文档生成
根据基因检测结果自动生成遗传咨询摘要,包括遗传模式、再发风险及家庭检测建议
CNV变异识别与解读
利用WES/WGS数据检测拷贝数变异,结合数据库及文献判断其临床意义
罕见病表型-基因匹配
根据患者HPO术语自动匹配已知疾病-基因关联,优先排序候选致病变异,辅助遗传病基因诊断。
变异数据库自动查询与比对
自动检索ClinVar、HGMD、gnomAD等数据库,输出变异频率、致病性及人群分布对比
家系共分离分析自动化
基于家系样本基因型数据,自动计算LOD值及共分离情况,辅助判断变异致病性
质量控制报告自动生成
自动分析测序数据质量指标(Q30、覆盖深度、GC偏倚等),生成QC检测报告及警告
温控模块故障诊断
检测PCR反应室温度偏差,校准热循环参数,更换损坏的加热元件或传感器。
故障响应工单生成与跟踪
自动创建故障工单,记录现象和处理步骤,跟踪维修进度直至闭环
远程固件升级执行
通过后台管理系统远程推送并安装基因测序仪固件更新,验证升级后测序仪功能正常,确保设备稳定运行。
测序芯片安装与验证
正确安装不同类型测序芯片,运行验证测试确保芯片与仪器兼容性,保障测序数据质量
测序仪运行日志分析
解析测序仪运行日志,识别错误代码和异常模式,定位故障原因。
试剂耗材库存预警与补充
监控基因测序仪所需试剂、缓冲液等耗材余量,自动触发低库存报警并生成补货订单,确保测序流程连续不中断。
流体系统管路冲洗与维护
定期冲洗试剂管路、更换过滤器,处理气泡和堵塞问题,维持液体流动稳定。
激光光源校准与更换
执行激光器功率校准和光路调整,更换老化激光模块,确保信号质量。