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分类:基因与精准医疗 ✕来源:TotalClaw ✕

宏基因组组装与分箱

使用 MEGAHIT、metaSPAdes 等工具进行宏基因组组装,并通过 MetaBAT、CONCOCT 等进行基因组 binning,适用于微生物组学与精准医疗研究

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宏基因组数据质控与预处理

对高通量测序原始数据进行质量评估、接头去除、低质量过滤及宿主序列剔除,确保下游分析的准确性与可靠性。

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比较基因组学分析

对多个微生物基因组进行核心/泛基因组分析、SNP/InDel检测及系统发育树构建,用于基因与精准医疗场景下的菌株鉴定与功能解析。

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微生物群落组成分析

利用QIIME2、mothur等工具进行OTU/ASV聚类、物种注释及多样性分析。

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微生物组-宿主互作网络构建

整合微生物组与宿主转录组/代谢组数据,构建相关性网络并识别关键互作模块,用于精准医疗中的生物标志物发现。

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抗性基因与毒力因子检测

利用CARD、VFDB等数据库鉴定微生物组中的抗生素抗性基因和毒力因子,支持精准医疗与耐药性分析。

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宏转录组差异表达分析

对宏转录组数据进行差异基因表达分析,结合功能富集解读生物学意义,适用于微生物组与宿主互作研究

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微生物基因组注释

对组装完成的微生物基因组进行基因预测、功能注释及代谢通路重建,支持精准医疗研究

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NGS变异注释与报告生成

基于ACMG/AMP指南对NGS检测到的基因变异进行致病性注释,并生成结构化的临床报告

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ACMG/AMP规则引擎

将ACMG/AMP判定标准转化为可执行规则,自动评估变异致病性等级(P/LP/VUS等)

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遗传咨询辅助文档生成

根据基因检测结果自动生成遗传咨询摘要,包括遗传模式、再发风险及家庭检测建议

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CNV变异识别与解读

利用WES/WGS数据检测拷贝数变异,结合数据库及文献判断其临床意义

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罕见病表型-基因匹配

根据患者HPO术语自动匹配已知疾病-基因关联,优先排序候选致病变异,辅助遗传病基因诊断。

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变异数据库自动查询与比对

自动检索ClinVar、HGMD、gnomAD等数据库,输出变异频率、致病性及人群分布对比

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家系共分离分析自动化

基于家系样本基因型数据,自动计算LOD值及共分离情况,辅助判断变异致病性

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质量控制报告自动生成

自动分析测序数据质量指标(Q30、覆盖深度、GC偏倚等),生成QC检测报告及警告

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温控模块故障诊断

检测PCR反应室温度偏差,校准热循环参数,更换损坏的加热元件或传感器。

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故障响应工单生成与跟踪

自动创建故障工单,记录现象和处理步骤,跟踪维修进度直至闭环

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远程固件升级执行

通过后台管理系统远程推送并安装基因测序仪固件更新,验证升级后测序仪功能正常,确保设备稳定运行。

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测序芯片安装与验证

正确安装不同类型测序芯片,运行验证测试确保芯片与仪器兼容性,保障测序数据质量

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测序仪运行日志分析

解析测序仪运行日志,识别错误代码和异常模式,定位故障原因。

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试剂耗材库存预警与补充

监控基因测序仪所需试剂、缓冲液等耗材余量,自动触发低库存报警并生成补货订单,确保测序流程连续不中断。

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流体系统管路冲洗与维护

定期冲洗试剂管路、更换过滤器,处理气泡和堵塞问题,维持液体流动稳定。

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激光光源校准与更换

执行激光器功率校准和光路调整,更换老化激光模块,确保信号质量。

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