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CRISPR筛选数据解析
处理CRISPR敲除/激活筛选数据，提取候选靶点基因，用于药物靶点发现和精准医疗研究
GWAS数据分析
利用GWAS工具识别与疾病显著关联的基因位点，支持靶点发现与精准医疗研究
药物-靶点关联预测
基于分子对接或机器学习方法，预测药物分子与靶点蛋白的结合亲和力，支持药物重定位与靶点发现
单细胞转录组差异分析
基于单细胞RNA-seq数据，鉴定疾病特异性细胞亚群及其标志基因，支持药物靶点发现与精准医疗。
蛋白质互作网络构建
利用STRING、BioGRID等数据库构建靶点相关蛋白互作网络，用于药物靶点基因发现与精准医疗分析。
基因共表达模块分析
通过WGCNA等方法识别与疾病表型相关的基因模块，用于药物靶点发现与精准医疗研究
文献挖掘与知识图谱构建
从PubMed等文献中自动提取基因-疾病-药物三元关系，构建结构化知识图谱，支持靶点基因发现与精准医疗。
功能富集分析自动报告
对候选基因列表进行GO、KEGG通路富集分析，生成结构化、可解读的生物学功能报告
宏基因组组装与分箱
使用MEGAHIT或metaSPAdes进行宏基因组组装，并通过MetaBAT2、MaxBin2等工具进行分箱，获取高质量MAGs
基于Kraken2/Bracken的物种分类注释
使用Kraken2进行快速物种分类，并用Bracken估计物种相对丰度，生成OTU/ASV表
耐药基因与毒力因子检测
利用CARD、ResFinder、VFDB等数据库，通过BLAST或Abricate工具，从宏基因组测序数据中检测抗生素抗性基因（ARG）和毒力因子基因（VF），用于耐药性分析、毒力评估和精准医学研究。
功能基因注释与通路分析
使用HUMAnN3或DIAMOND+MEGAN对宏基因组测序数据进行功能基因注释，并映射到KEGG/MetaCyc通路，以识别微生物群落的功能潜力和代谢途径。
差异丰度分析脚本编写
使用R语言（DESeq2、edgeR）或Python（scipy.stats、ANCOM）进行组间差异物种/功能比较，生成可复现的分析脚本与结果报告。
宏基因组关联研究(MWAS)分析
进行宏基因组与宿主表型（如疾病状态）的关联分析，包括统计检验和可视化（曼哈顿图、火山图）
MetaPhlAn4菌群谱生成
利用MetaPhlAn4进行宏基因组样本的菌群物种级和菌株级注释，输出相对丰度矩阵，适用于基因与精准医疗场景中的菌群分析。
宏基因组测序数据预处理
从原始FASTQ文件进行质量过滤、接头去除、宿主序列剔除，生成高质量clean reads
伦理合规检查清单生成
根据基因编辑项目类型（体细胞/生殖系/基础研究）自动生成伦理审查所需检查清单
引物设计自动化
根据靶序列和载体信息自动设计PCR引物及Sanger测序引物，适用于基因编辑与精准医疗实验流程
实验方案模板生成
基于CRISPR等基因编辑实验类型（如HDR、NHEJ），自动生成标准操作流程模板，确保实验设计规范、可重复、符合精准医疗要求。
脱靶分析报告生成
基于参考基因组比对结果，生成脱靶位点列表及风险评估报告，支持基因编辑技术总监进行安全性评估
CRISPR设计文档生成
根据靶基因序列自动生成CRISPR sgRNA设计文档，包含脱靶评分和效率预测
项目进展跟踪摘要
从项目管理工具和实验日志中提取关键里程碑并生成周报摘要，适用于基因编辑技术总监的精准医疗项目。
编辑效率报告生成
从测序数据自动生成基因编辑效率报告，包含indel频率和等位基因分布
文献摘要提取
从PubMed等数据库中提取最新基因编辑研究摘要，并结构化输出关键信息